En 2004, la réforme de l'assurance maladie a modifié le mode de financement de l'hôpital, jusqu'alors assuré par une dotation globale forfaitaire versée à chaque établissement. Les modalités de financement des hôpitaux ont été profondément bouleversées pour les activités de médecine, chirurgie et obstétrique (MCO). La grande majorité des ressources hospitalières dépend désormais du nombre et de la nature des actes et des séjours réalisés. Certaines d'entre elles - comme les missions d'intérêt général, les activités d'urgence ou les prélèvements d'organes - continuent cependant de bénéficier d'un financement forfaitaire.

Les coûts sont détaillés, afin d'identifier les différentes activités de l'hôpital. Ce mode de financement des hôpitaux s'appelle la "tarification à l'activité" (T2A), car il s'appuie sur l'activité réalisée.

La notion de budget est remplacée par l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, car ce sont les produits de l'activité qui déterminent les ressources de l'hôpital. Les établissements (hôpital ou maison de retraite) sont autonomes dans leur gestion, mais soumis aux contrôles exercés par les pouvoirs publics (agence régionale de santé, chambre régionale des comptes...).
Le budget hospitalier est, en moyenne, consacré :

• pour 67% aux dépenses de personnel,

• pour 15% aux achats de médicaments et de dispositifs médicaux,

• pour 9% aux autres achats,

• pour 9% aux amortissements et aux frais financiers (bâtiments, matériel...).