L'Afsset est un établissement administratif public de l'État, placé sous tutelle des ministres chargés de l'écologie, de la santé et du travail. L'Afsset coordonne l’expertise, assure la sécurité sanitaire, évalue les risques sanitaires liés à l’environnement en général et à l'environnement professionnel en particulier.

Depuis le 1er juillet 2010, l'Afsset est fusionnée avec l'Afssa au sein d'une nouvelle entité, l'Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses).