Analyse à l'aide de différents microscopes et de techniques de culture d'un, ou de plusieurs produits du corps d'un malade (crachats, pus, urine, sang, etc), pour rechercher le microbe responsable d'une maladie.
Une culture consiste à "faire pousser" un microbe dans une petite boite contenant de la gélatine et des substances nutritives maintenues à bonne température. Dans certains cas on utilise aussi l'inoculation.Elle consiste à injecter à un animal un extrait du liquide infecté pour vérifier si la maladie se développe.
Théoriquement l'examen bactériologique ne devrait concerner que les bactéries mais les médecins emploient souvent ce terme pour l'examen complet qui comprend aussi les examens "mycologique" (les champignons microscopiques) et parasitologique (les vers).
Dans certains cas l'analyse concerne aussi les cellules de l'organisme (cytologique). C'est le cas notamment de l'analyse des urines qui se nomme "examen cytobactériologique des urines" (ECBU).
Les médecins emploient familièrement l'expression "la bactério" à la place de "l'examen bactériologique".