Le fonctionnement de l'hôpital a été profondément transformé au cours des années 2000, avec la mise en place des pôles d'activité et d'une nouvelle gouvernance hospitalière. Il repose sur une étroite collaboration entre les différentes instances participant à la gestion de l'établissement. Suite à la loi HPST du 21 juillet 2009, la nouvelle gouvernance des établissements repose sur une direction renforcée, en concertation étroite avec le directoire, sous le contrôle du conseil de surveillance.
Le financement des hôpitaux a, lui aussi, été modifié par la réforme de l'assurance maladie intervenue en 2004. Les nouvelles modalités tiennent davantage compte de l'activité et du dynamisme de chaque établissement.